デジタル化・AI導入補助金（旧：IT導入補助金）の申請ガイド――電子カルテ・予約システム導入に活用する方法

瑛美岡
5月16日
読了時間: 6分

はじめに

「電子カルテを導入したいが費用が心配」「予約システムを入れたいが初期投資が大きい」——そうしたお悩みをお持ちの先生方に、ぜひ活用を検討していただきたいのが、デジタル化・AI導入補助金（旧：IT導入補助金／2026年より名称変更）です。

デジタル化・AI導入補助金は、中小企業・小規模事業者のITツール導入を支援する国の補助金で、クリニックも対象となります。電子カルテ・予約管理システム・レセプトコンピューターなど、診療業務に直結するITツールの導入費用の一部を補助してもらえる制度です。

この記事では、デジタル化・AI導入補助金の仕組みと申請の流れ、クリニックが申請する際の注意点を解説します。

デジタル化・AI導入補助金（旧：IT導入補助金）とは

経済産業省・中小企業庁が実施する補助金制度です。

中小企業・小規模事業者が業務効率化・売上向上を目的としてITツールを導入する際の費用を補助することを目的としています。

クリニックの場合、以下のようなITツールの導入に活用できます。

電子カルテシステムの新規導入・更新
予約管理システムの導入
レセプトコンピューター（レセコン）の更新
会計・経営管理システムの導入
問診票のデジタル化システム

補助の枠・補助率・補助上限額

Iデジタル化・AI導入補助金にはいくつかの「枠」があり、枠により補助率・補助上限額が異なります。

主な枠は以下の通りです。

枠の種類	補助率	補助上限額の目安
通常枠	1/2以内	5万〜450万円程度
インボイス枠（インボイス対応類型）	3/4以内	50万円程度
セキュリティ対策推進枠	1/2以内	100万円程度

※補助率・補助上限額は年度・公募回によって変わります。必ず最新の公募要領をご確認ください。

デジタル化・AI導入補助金の大きな特徴

デジタル化・AI導入補助金には、他の補助金と大きく異なる特徴があります。

それは、ITベンダー（システム提供会社）が「IT導入支援事業者」として登録されていないと申請できないという点です。

つまり、クリニック単独で申請することはできません。導入したいITツールを提供しているベンダーが、あらかじめ事務局に登録された「IT導入支援事業者」である必要があります。

申請の流れとしては以下のようになります。

補助金事務局のウェブサイトで、登録済みのIT導入支援事業者・ITツールを検索する
導入したいツールのベンダーに連絡し、補助金申請の意向を伝える
ベンダーと協力して申請書類を作成する
電子申請システム（IT導入補助金の専用ポータル）から申請する

申請の流れ

STEP 1：gBizIDの取得

I申請には、gBizID（GビズID）プライムアカウントの取得が必要です。

取得には数週間かかる場合があるため、申請を検討し始めた段階で早めに手続きを開始しましょう。

STEP 2：SECURITY ACTIONの宣言

情報セキュリティに関する自己宣言（SECURITY ACTION）を行うことが申請要件となっています。

IPAのウェブサイトから宣言できます。

STEP 3：IT導入支援事業者・ITツールの選定

補助金事務局の公式ポータルサイトから、登録済みのIT導入支援事業者・ITツールを検索します。

導入したい電子カルテや予約システムのベンダーが登録されているか確認しましょう。

STEP 4：ベンダーと協力して申請書類を作成

ベンダーと連携し、ITツールの導入計画・見積書・申請書類を作成します。事業計画の内容も審査に影響するため、導入の目的・期待される効果を具体的に記載することが重要です。

STEP 5：電子申請

専用ポータルサイトから電子申請を行います。

申請はクリニック側とベンダー側の両方が行う仕組みになっています。

STEP 6：採択・交付申請

採択通知が届いたら、正式な交付申請を行います。

STEP 7：ITツールの導入・支払い

交付決定後にITツールの契約・導入・支払いを行います。

交付決定前の契約・支払いは補助対象外となるため注意が必要です。

STEP 8：実績報告・補助金の受け取り

導入完了後に実績報告を行い、審査が通れば補助金が振り込まれます。

クリニックが申請する際の注意点

① 導入したいツールのベンダーが登録済みか確認する

使いたい電子カルテや予約システムのベンダーがIT導入支援事業者として登録されていない場合、そのツールでは申請できません。まずベンダーに「デジタル化・AI導入補助金は使えますか？」と確認するところから始めましょう。

② 交付決定前に契約・発注をしない

補助金申請中に「早く導入したい」という気持ちから、採択前にベンダーと契約してしまうケースがあります。交付決定前の契約・発注・支払いは補助対象外となるため、必ず交付決定後に手続きを進めましょう。

③ 補助金はあくまで後払い

補助金は事業完了後の精算払いが原則です。

導入費用の全額を一時的に自己資金で立て替える必要があります。資金繰りを事前に確認しておきましょう。

④ 公募期間・スケジュールを早めに確認する

デジタル化・AI導入補助金は年間を通じて複数回の公募が行われますが、公募期間には締切があります。

「導入したいと思ったとき」に公募が終わっていることもあります。関心がある場合は早めに公募スケジュールを確認しましょう。

⑤ 導入後の報告義務がある

採択後も、一定期間にわたって事業の実施状況・経営指標の報告が求められます。

報告を怠ると補助金の返還を求められる場合があるため、採択後も継続的な対応が必要です。

よくある質問

Q：開業前のクリニックでも申請できますか？

デジタル化・AI導入補助金、は原則として「すでに事業を営んでいる」事業者が対象です。

開業前の申請は対象外となる場合がほとんどです。開業後に申請を検討しましょう。

Q：電子カルテの更新（買い替え）でも使えますか？

新規導入だけでなく、既存システムの更新・バージョンアップも対象になる場合があります。

ただし枠や条件によって異なるため、公募要領の確認とベンダーへの相談をおすすめします。

Q：複数のITツールをまとめて申請できますか？

同一のIT導入支援事業者が提供する複数のツールをまとめて申請できる場合があります。

電子カルテと予約システムをセットで導入する場合などは、ベンダーに確認してみましょう。

まとめ

デジタル化・AI導入補助金は、電子カルテ・予約システムなどの導入コストを抑えられる有力な制度です。

ただし、ベンダーとの協力が必要・交付決定前の発注は不可・後払いが原則など、独特のルールがあります。

活用を検討する場合は、まず導入したいツールのベンダーに補助金対応の可否を確認し、早めにgBizIDの取得を進めることをおすすめします。

「自院が対象になるか確認したい」「申請書類の作成をサポートしてほしい」という先生方は、お気軽にご相談ください。

制度は改正されることがあります。最新情報については、当事務所にご確認ください。

行政書士岡瑛美事務所　岡瑛美

医療分野に特化した行政書士として、開設から運営まで一貫してサポートします。

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